Detection of some major viral problems at potato production in Hatay

Hatay ili patates üretim alanlarında 2013- 2014 yıllarında patates yumru, sürgün ve yaprak örnekleri toplanmıştır. Bitki örneklerinde önemli virüslere bakılmıştır. Yaygın virüslerden AMV (Alfaalfa mosaic virus), CMV (Cucumber mosaic virus), PLRV (Potato leafroll virus), PVX (Potato virus X), PVY (Potato virus Y) (PVY-N ve PVY-C) ve TRV (Tobacco rattle virus)’nin varlığı araştırılmıştır. Bu virüslerin simptomatolojik gözlemleri, iklim odasında yumru ile taşınma, test bitkilerine mekanik inokulasyon ve serolojik (DAS-ELISA) çalışmaları yapılarak incelenmiştir. Arazi çalışmalarında hasada yakın dönemde enfeksiyon oranlarının arttığı bitkilerde yapraklarda sarı mozaik lekelenmeler, yapraklarda ve özellikle tepe sürgünlerde şiddetli kloroz, damar nekrozu, boğum aralarında kısalma, yapraklarda küçülme ve rulo şeklinde yukarı doğru kıvrılma, tepe sürgünlerinde beyazlaşmaya yakın şiddetli kloroz, erken yaşlanma, yumrularda küçülme gibi belirtiler gözlenmiştir. Tohumluk yumru etinde %1 oranında nekrotik dokular gözlenmiştir. Patates örneklerinde en fazla PVY enfeksiyonu belirlenmiştir (%49.5). PLRV ve AMV enfeksiyonu %5.4 oranında bulunmuştur. Karışık enfeksiyon olarak düşük oranda PVY+PLRV bulunmuştur (%1.6). Mevcut bilgilerimize göre Hatay’da patates örneklerinde ilk kez AMV enfeksiyonu belirlenmiştir. İncelenen patates örneklerinde CMV, PVX ve TRV belirlenmemiştir. PVY ile enfekteli olduğu belirlenen bitkilerden tesadüfi seçilen 58 örneğin 35’inde PVY-N tesbit edilmiş (%60.3) ancak PVY-C tesbit edilememiştir.Potato plants and tubers were collected from potato fields in Hatay province of Turkey in 2013-2014. Major viral agents were investigated in the plant materials. The presence of commonly held viruses of AMV (Alfaalfa mosaic virus), CMV (Cucumber mosaic virus), PLRV (Potato leafroll virus), PVX (Potato virus X), PVY (Potato virus Y) (PVY-N and PVY-C) and TRV (Tobacco rattle virus) are searched. Virus diseases were detected by inspection of virus symptoms, serological assay (DAS-ELISA), transmission by seed potato tubers and mechanical transmission to test plants at protected and climatically controlled rooms. During harvesting period, virus infection rates were increased and different symptoms such as yellow mosaic speckles and severe chlorosis of leaves (especially on top shoots) , vein necrosis, multiple shoot formations, shorter internodes, smaller and rolled leaves, early senescent, smaller tubers were observed on potato plants. About 1% necrotic tissues were observed in the cross-section of the tubers. The most common viral infection determined was PVY (49.5%), following by PLRV and AMV infections (5.4%). PVY+PLRV (1.6%) were found as mixed infections. To our knowledge, it is the first report of AMV on potato samples in Hatay, in Turkey. CMV, PVX and TRV were not determined in the potato samples. A total of 35 samples were tested as PVY-N among randomly selected within 58 PVY infected samples (60.3%), but PVY-C was not found in any of them

Detection of alfalfa mosaic virus (AMV) in potato production areas in Hatay province of Turkey

Hatay ili patates alanlarında 2009 ve 2010 yıllarında yapılan çalışmalarda Yonca mozaik virüsü (Alfalfa mosaic virus: AMV) ile enfekteli olabileceğinden şüphelenilen simptomlu patates bitkileri belirlenmiştir. Patates alanlarında AMV'nin varlığı ve yaygınlığı ile diğer konukçularını belirlemek üzere 2014-2015 yıllarında farklı çeşitlere ait patates tarlalarından şüpheli bitki örnekleri alınmıştır. İncelenen patates tarlalarında özellikle yabancı otlar üzerinde yoğun olarak AMV potansiyel vektörü olan Aphis fabae Scopoli, A. gossypii Glover, A. solanella Theobald, Myzus persicae (Sulzer), Macrosiphum euphorbiae (Thomas) ve Rhopalosiphum padi L. türleri belirlenmiştir. Sarı desenler, lekeler ve daha sonra şiddetli kloroz gösteren patates yaprak örneği serolojik (DAS ELISA: Double antibody sandwich-Enzyme linked immunosorbent assay) ve biyolojik indeksleme (mekanik inokulasyon) yöntemleri ile incelenmiştir. Ülkemizde Hatay ilinde yetiştirilen patateste son birkaç yıldır AMV'nin enfeksiyon oluşturduğu belirlenmiştir. Yabancı ot türlerinden Physalis angulata örneklerinde 2014 yılında %15.3 oranında AMV enfeksiyonu belirlenmiştir. Simptomlu patates bitkilerinde AMV enfeksiyonu 2014 ve 2015 üretim dönemlerinde %5.4 ve %4.6 olarak bulunmuştur. AMV'nin patateste düşük seviyelerde enfeksiyon oluşturmasına rağmen, özellikle Amik Ovası'nda yetiştirilen yonca, domates ve biber gibi diğer kültür bitkileri ile yabacı otlar veya bu kaynaklardan patatese virüsün vektör yaprak bitleri ile taşınabilmesi nedeni ile Hatay ilinde patateste AMV enfeksiyonu belirlenmesi önem taşımaktadır. Hatay ilinde patates bitkilerinde son birkaç yıldır görülmeye başlayan AMV enfeksiyonu için il dışından gelen enfekteli tohumluk yumruların kaynak olduğu düşünülmektedir. AMV'nin yıllara içinde patates alanlarındaki durumunu izlemek için patates, yabancı otlar ve diğer konukçuları ile ilgili çalışmalar devam etmektedirSymptomatic potato plants were found to be infected with Alfalfa mosaic virus (AMV) during the studies in potato growing areas in Hatay province in 2009 and 2010. Suspected plant samples were taken from different potato cultivars and weeds in 2014-2015 due to determine of the presence and prevalence of AMV and its other hosts in the fields. Potential vector species as Aphis fabae Scopoli, A. gossypii Glover, A. solanella Theobald, Myzus persicae (Sulzer), Macrosiphum euphorbiae (Thomas) and Rhopalosiphum padi L. were intensively found on weeds in the potato fields. Potato leaf samples showing yellow spots and patterns, and then severe chlorosis were detected by serological (DAS ELISA: Double antibody sandwich-Enzyme linked immunosorbent assay) and biological indexing methods. AMV was detected in Physalis angulata by the rate of 15.3% in 2014. Although, AMV infection was found in low levels in symptomatic potato plants in 2014 and 2015 (5.4% and 4.6%), AMV is important in Amik plain due to the virus can be transmitted by vector aphids to weeds and other crops mainly growing in Amik plain such as alfalfa, tomato and pepper or from these sources to potatoes. AMV infection began to be affected potatoes grown in Hatay during the last few years. Seed tubers infected by AMV are thought to be the source of the virus infection of potatoes growing in Hatay-Turkey. For monitoring of the status of the virus in potato fields over the years, the studies on AMV infection on potatoes, weeds and other hosts are in progres

Circulifer haematoceps (Hom.: Cicadellidae) vektörü ile taşınan turunçgil stubborn hastalığı etmeni Spiroplasma citri Saglio et al.' nin turunçgil ve susamda yayılması ve epidemiyolojisi üzerinde araştırmalar

TEZ3026Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 1998.Kaynakça (s. 172-198) var.x, 201 s. : rnk. res. ; 30 cm.…Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje No: FBE- 94- 101

Detection of some weed species as host of Spiroplasma citri Saglio et al. and its insect vector Circulifer haematoceps (M.-R.) (Hom.: Cicadellidae) in the Eastern Mediterranean Region of Turkey

Doğu Akdeniz Bölgesi'nde Adana, Hatay, içel ve Osmaniye illerinde tunmçgil, susam ve kültür turpu alanlarında şüpheli yabancı ot türleri (Capsella bursa-pastoris (L.) Medik, Convolvulus arvensis L., Cıtscuta sp., Cynodon dactylon (L.) Pers., Malva sylvestrîs L., Portulaca oleracea L., Raphanus raphanîstrum L., Sorghum halepense (L.) Pers. ve Xanthium strumarium L.) ELISA ve kültüre alma yöntemleri ile Spiroplasma citri (Entomoplasmateles, Spiroplasmataceae) yönünden incelenmiştir. Çalışma kapsammda araştırılan bu türlerin populasyon oluşturduğu yerlerde 300 saniye süre ile S. cifrfnin vektörü Circulifer haematoceps (M.-R.) (Homoptera:Cicadellidae)'in toplama çalışmalarında D-VAC vakumlu böcek toplama aleti kullanılmıştır. Toplanan böcek örneklerinin stereo binoküler mikroskop ile nünf ve ergin ayrımı ve sayımı yapılmıştır. Ayrıca araştırılan bitki türlerinden örnekler de toplanarak polietilen torba içerisinde laboratuara getirilmiş ve C. haematoceps yönünden incelenmiştir. Araştırılan bitki türlerinden yalnızca S. halepense 'de şüpheli örnekler 9/16 oranında ELISA ile S. citri yönünden pozitif sonuç vermiş iken ELISA (A405) sonuçlarına göre turunçgil alanlarından toplanan ve ELISA ile enfekteli olduğu saptanan örnekler ile yapılan çalışmalarda S, citri kültüre alınamamıştır. Susam alanlarından toplanan S. halepense örneğinden 1/10 oranında ELISA ile pozitif sonuç alınmış iken, yapılan kültüre alma çalışmalarında başarılı olunamamıştır. Diğer türlerde testierten şüpheli örneklerin hiç birinde ELISA yöntemi ile S. citri saptanamamıştır. C. haematoceps' in üreme ve beslenme alanlarının saptanmasına yönelik olarak yapılan çalışmalarda M sylvestris L., P. oleracea, R., raphamstrum ve S. halepense üzerinde ergin C. haematoceps bireyleri toplanır P. oleracea, R.raphanîstrum ve X. strumarium üzerinden nimf döneminde bireyler de saptanmış fakat bu nimflerin kültüre alınmasında başarılı olımamadığmdan nimf düzeyinde ayrımları yapılamamıştır. Üzerinde nimf ve ergi bitki türlerinden laboratuara getirilen bitki örneklerinin incelenmesi sonucu sap ve taze sürgün kısımlarında çizgi şeklinde dikey olara tek tek çukurcuklar gözlenmekle birlikte bu gibi dokuların binoküler mikroskopta incelenmesi sonucu C. haematoceps yumurtasına rastlanmamıştır. Fakat bu bitkiler üzerinde ergin bireyler ile değişik dönemlerde nimf ve nimf gömleklerine rastlanması C. haematoceps' in bu bitki türleri üzerinde beslendiği ve ürediği düşüncesini kuvvetlendirmektedir.Some weed species Capsella bursa-pastoris (L.) Medik, Convolvulus arvensis L., Cuscuta sp., Cynodon dactylon (L.) Pers., Malva sylvestris L., Portulaca oleracea L., Raphanus raphanistrum L., Sorghum halepense (L.) Pers., Xantkium strumarium L., which are suspected as a host of Spiroplasma citri Saglio et al. (Entomoplasmateles, Spiroplasmataceae) and its insect vector, Circulifer haematoceps (M.-R.) (Homoptera:Cicadellidae) were detected by ELISA and culture assay in citrus orchards, sesame and radish fields in Adana, Hatay, içel and Osmaniye provinces in the Eastern Mediterranean Region of Turkey. The leaflioppers C. haematoceps, vector of S. citri were collected by D-VAC aspirator (by sucking for 300 seconds for each species) on weeds which showed population densities. C. haematoceps samples were determined under binocular microscope and individuals were separated as adult and nymph. The weed samples were also collected from field and detected for the presence of C. haematoceps in the laboratory. In the weed samples collected from citrus orchards were detected for the presence of & citri, only S. halepense showed positive ELISA result in rate of 9/16. But S. halepense samples found afifeeted with S. citri by ELISA revealed no positive culture result in any case. The suspected S. halepense samples collected from sesame fields showed positive ELISA result in rate of 1/10, positive culture were not able to found in all other weed species by ELISA. In the study to determine of feeding and rearing areas of C. haematoceps, adult individuals were collected on M sylvestris L., P. oleracea, R. raphanistrum and S, halepense. Nymphs were not identified , because of the nimfs were not able to cultured. The plant samples, which are the leaftopper adults and nymphs were collected on, were also determined under binocular microscope for C. haematoceps eggs. C. haematoceps egg was not found in small pits or splits on stems and leaf veins of plants. But nymphs and nymph skins were found on P. oleracea, R..raphanistrum and Jf. strumarium. So, it is suspected that C. haematoceps is able to rear and feed on the species, which are the leafhopper adults and nymphs were collected on

Inicidence and transmission of Zuccihi yellow mosaic ptyvirus (ZYMV) in cucurbits in Hatay province of Turkey

Zucchini yellow mosaic potyvirus (ZYMV) (Genus Potyvirus, family Potyviridae) is the most widespread and an economically important virus causing damages on Cucurbits in Turkey. Leaf and fruit samples were collected from symptomatic Cucurbita pepo, Cucurbita maxima, Cucurbita mochata, Cucumis melo and Cucumis sativus plants in different locations in Hatay province in 2003. Severe symptoms consisting of mosaic, yellowing, shoestring of apex, stunting and fruit deformations were observed on natural infected plants in field conditions. Symptomatic plants were tested by ELISA. None of the C. sativus samples exhibited severe symptoms was positively tested for ZYMV. Seeds of severe affected fruits collected from naturally infected plants were germinated and 100 seedlings randomly selected from each species were tested by ELISA and the symptoms associated with ZYMV were visually inspected on 200 seedlings for each species. Seedlings were regenerated by the rate of 92% from seeds of affected fruits. However, the symptoms as systemic chlorosis, stunting and leaf deformations were observed in three or four plants, ZYMV was not determined in the seedlings obtained from the seeds of infected fruits by ELISA. Biological assays (sap inoculations) were performed by using severe infected C. pepo leaves. Symptoms associated with ZYMV were observed after two weeks on different mechanically inoculated test plants. Myzus persicae rared on C. pepo infected with ZYMV for an acquisition period of 7 days and then transferred on healthy seedlings as groups including 10 individuals for an inoculation access period of 3 days. Some symptoms as chlorotic and mosaic lesions, leaf deformations, stunting and dieback of seedlings were appeared on test plants used in aphid-transmission assays within three weeks

Detection of a new medium for budwood culture in vitro of citrus

Yeni ve kaliteli turunçgil tür ve çeşitlerinin bir ülkeden veya bir bölgeden başka bir yere uygun olmayan koşullarda getirilmesi ve doğrudan üretilmesi yeni hastalık ve zararlıların bölgeye girerek yayılmasına neden olan son derece riskli bir uygulamadır. Gelişmiş turunçgil üreticisi ülkelerde yaygın olarak kullanılan in vitro sürgün ucu aşılama (SUA) tekniği ile birçok turunçgil virüs ve virüs benzeri hastalık etmenleri başarı ile arındırılabilmektedir. SUA işleminde sürgün kaynağı elde etmek üzere birkaç yöntem vardır. in vitro koşullarda aşıgözü kültürü ile sürgün elde etmek bu yöntemlerden biridir. Aşıgözü kültür ortamı olarak SUA sonrası bitkilerin kültüre alındığı Murashige ve Skoog (MS) besin solüsyonu kullanılmaktadır. Bu çalışmada aşıgözü kültürü işlemlerini kolaylaştırmak amacı ile MS ortamı kültür içeriğinde kullanılan ince kum ve besin solüsyonu yerine hiçbir besin maddesi içermeyen yalnızca destile su (DS) ile hazırlanmış yeni bir ortam denenmiştir. MS ve DS ortamlarının aşıgözlerinde sürgün oluşumuna etkilerini belirlemek üzere Washington Navel portakal (Citrus sinensis (L.) Osb.), Minneola tangelo (Citrus reticulata x Citrus paradisi) ve Interdonato limon (Citrus limon (L.) Burm.) çeşitlerinden oluşan üç ayrı türdeki aşıgözleri iki farklı ortamda in vitro koşullarda kültüre alınmıştır. DS ortamı kültürlerinde de MS ortamında olduğu kadar SUA işlemi için uygun sürgün elde edilebildiği saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda MS ortamına kıyasla daha pratik ve ekonomik olan destile su ortamı ile in vitro aşıgözü kültürü Ç.Ü. Subtropik Meyveler Araştırma ve Uygulama Merkezinde özellikle yurtdışından getirilen çeşitlerde olmak üzere portakal, mandarin, limon, greyfurt ve süs turunçgilini içeren birçok turunçgil tür ve çeşitinden sürgün elde etmede 1993 yılından buyana başarı ile kullanılmaktadır.The transfer of new and quality citrus species and cultivars from one country or growing area to another may lead to the introduction of new pests and diseases. Therefore the import and direct production of citrus budwood without adequate control measures has a high risk. The citrus virus and virus-like disease agents can be successfully eliminated using the shoot-tip grafting (STG) technique which is routinely used to obtain virus-free plants in citrus improvement programs in major citrus-growing countries. Many methods are used to obtain flushes as a source of scion material for STG in vitro. The budwood culture in vitro is one, used to obtain flushes from bud sticks for STG. The budwood culture medium is composed of Murashige and Skoog (MS) salt solution and is used to culture the plant in vitro after shoot-tip grafting. This research was conducted with the objective of simplifying the usual procedure of budwood culture. Instead of culturing in tubes containing nutrient medium and fine sand as a substrate, a new medium with distilled water without salt solution or sand was tried, to obtain flushes from Washington Navel orange (Citrus sinensis (L.) Osb.), Minneola tangelo (Citrus reticulata x Citrus paradisi) and Interdonato limon (Citrus limon (L.) Burm.) cultivars. Distilated water medium is more practical and more economical than usual the medium composition. This new medium has been used successfully with several cultivars (especially imported) of sweet orange, mandarin, lemon, grapefruit and ornamental citrus to obtain a source of shoots for STG at the Subtropical Fruits Research and Experimental Centre of the University of Çukurova since 1993

Türkiye'de plum pox (Şarka) virüsünün DAS-ELISA ve RT-PCR/RFLP analizi ile saptanması ve tanımlanması

Ülkemizin farklı bölgelerinde Plum pox virüs (PPV) (family Potyviridae, genus Potyvirus)'ünün belirlenmesi ve gelişmiş yöntemler ile PPV izolatlarının araştırılması amacı ile, Malatya yöresi dışında kalan ülkemizin önemli yetiştirici bölgelerinde tesadüfi olarak seçilen bahçelerden PPV'ye özgü belirtiler gösteren badem, erik, kayısı, kiraz, nektarin, şeftali, ve vişne ağaçlarından yaprak örnekleri toplanmıştır. Serolojik (DAS-ELISA) çalışmalarda polyclonal antibodiler ve monoclonal antibodiler (MAbs); MabSB (Universal), Mab4DG5 (PPV-D: Dideron), MabAL (PPV-M: Marcus), MabEA24 (PPV-EI Amar) ve MabAC (PPV-C: Cherry) kullanılmıştır. Türkiye'ye ait PPV izolatiarını karakterize etmek için RT-PCR (Reverse transcription-polymerase chain reaction) / RFLP (Restriction fragment length polymorphism) analizi yapılmıştır. RT-PCR/RFLP analizi ile DAS-ELISA ve DASI-ELISA bulgularını destekleyen sonuçlar elde edilmiştir. Toplam 52 örnekten iki adetinin PPV ile enfekteli olduğu ve bu iki kayısı izolatının M straini olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma ile Türkiye'de kaysıda PPV-M ırkının varlığına dair önceki araştırma bulguları desteklenmiştir.This study was conducted to determine the presence of plum pox virus (PPV) (family Potyviridae, genus Potyvirus) in different regions of Turkey and to characterize PPV isolates by serological and molecular techniques, including ELlSA and PCR/ RFLP. Thus, leaf samples from different stone fruit species (almond, apricot, nectarine, peach, plum and sour and sweet cherry) exhibiting various types of symptoms related to PPV were collected from different parts of the canopy from randomly selected orchards in the main stone fruit growing areas in Turkey, except for Malatya province. Polyclonal antibodies were used to detect the presence of PPV in the plant samples by serological assays (DAS-ELISA). The following monoclonal antibodies (MAbs); Mab SB (Universal), Mab 4DGS (PPV-D: Dideron-specific), Mab AL (PPV-M: Marcus-specific), Mab EA24 (PPV-El Amar-specific) and Mab AC (PPV-C: Cherry-specific), were used to identify the serotyping of PPV isolates. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assays and restriction fragment length polymorphism analysis of RT-PCR products were performed to characterize Turkish PPV isolates. The results of RT-PCR analyses using general primers were in complete agreement with the DAS-ELISA and DASI-ELISA results, showing that 2 of 52 stone fruit samples collected from apricots in Ankara province were infected with the M strain of PPV. This study confirmed the results of the previous work and demonstrated the presence of the PPV-M strain in apricots in Turkey